Plany oddania Narodowi Polskiemu majątków kórnickich miał na uwadze Tytus Działyński, jak i jego syn Jan. Nie mogli ich zrealizować, ponieważ obawiali się, że majątki mogą być przejęte przez władze pruskie. Udało się to dzieło urzeczywistnić, kiedy w 1881 roku Władysław Zamoyski, siostrzeniec Jana, ostatniego z rodu Działyńskich, odziedziczył tę majętność. Wtedy też na terenie Wielkiego Księstwa Poznańskiego kupił kilka majątków zagrożonych przejęciem przez władze pruskie. Niestety wskutek tzw. rugów pruskich Zamoyski wraz z rodziną został zmuszony do opuszczenia Wielkopolski i działał w Galicji, mieszkał też w Paryżu. W 1889 roku nabył dobra zakopiańskie, aby móc się osiedlić i umożliwić matce Jadwidze Zamoyskiej założenie w Kuźnicach Szkoły Domowej Pracy Kobiet. Władysław Zamoyski chciał zrealizować ideę Tytusa i Jana Działyńskich – oddania Narodowi Polskiemu majątku, dlatego wraz z matką Jadwigą z Działyńskich zastanawiali się, w jakiej formie go przekazać. Propozycji było kilka. Jedną z nich było przekazanie majątków kórnicko-zakopiańskich Związkowi Zamoyskich, który został powołany z inicjatywy Władysława w 1910 roku we Lwowie. Jednak różnice zdań co do zasad i form przekazywania środków na rzecz celów narodowych odwiodły Zamoyskiego od realizacji tej koncepcji.

Po zakończeniu I wojny światowej Zamoyscy powrócili w 1919 roku do Kórnika, podjęli się uporządkowania spraw gospodarczych w majętności. Władysław podjął na nowo kwestię przekazania majątku i rozpoczął konsultacje nad utworzeniem samodzielnej fundacji pod nazwą „Zakłady Kórnickie”. Sprawy nabrały tempa w 1923 roku, kiedy do współpracy zaproszeni zostali Stanisław Michalski, prezes Kasy im. Mianowskiego i prawnik Karol Lutostański. Ostatecznie 16 lutego 1924 roku podczas audiencji u Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Stanisława Wojciechowskiego, Władysław i Maria Zamoyscy podpisali akt donacyjny, zwracając się do Sejmu i Senatu z prośbą o opiekę nad Fundacją. Kolejnym krokiem było podpisanie 20 czerwca 1924 roku przed Sądem w Śremie aktu czyniącego z dóbr kórnicko-zakopiańskich Fundację pod nazwą „Zakłady Kórnickie”. Akt ten został skierowany przez Radę Ministrów do Sejmu RP, który uchwalił ustawę o Fundacji „Zakłady Kórnickie”, zatwierdzoną w dniu 30 sierpnia 1925 roku przez Senat. Zgodnie z ustawą, naczelną władzą Fundacji były Rada Kuratorów (w 11-osobowym składzie), Zarząd oraz Naczelnik Fundacji. Patronat nad Fundacją objęli Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej i Prymas Polski. Przekazany na rzecz Fundacji majątek obejmował łącznie 19 661 ha, w którego skład wchodziło: 7413 ha ziemi ornej, 4943 ha lasów kórnicko-trzebawskich, 5333 ha lasów zakopiańskich, 148 ha łąk i pastwisk, 715 ha jezior i stawów i 1040 ha nieużytków.

Fundacja kierowała i finansowała: Bibliotekę Kórnicką (utworzoną w 1826 roku), Zakład Badań Drzew i Lasu, Szkołę Domowej Pracy Kobiet. W 19 folwarkach w gminie Kórnik, Środa Wielkopolska i Mosina prowadziła gospodarkę rolną. Ponadto zarządzała i zajmowała się działalnością przemysłową oraz handlową, m.in. w tartakach – Gądki, Zwierzyniec i Kiry (w dobrach zakopiańskich) – oraz małymi fabrykami masy drzewnej i tektury (w dobrach zakopiańskich), kamieniołomami tatrzańskimi i Bazarem Polskim (w Zakopanem).

W okresie okupacji niemieckiej w latach 1939–1945 Fundacja została włączona do utworzonej przez Niemców Fundacji dla Niemieckich Badań Wschodnich, a folwarki weszły w skład tzw. Güterverwaltung z siedzibą w Kórniku. Po zakończeniu II wojny światowej Fundacja Zakłady Kórnickie wznowiła działalność, mimo że majątek został uszczuplony o lasy kórnicko-trzebawskie, które zostały przejęte przez Skarb Państwa i majątki rolne, które stopniowo, od 1949 roku zostały przejmowane przez państwowe gospodarstwa rolne (PGR). Ostatecznie Fundację Zakłady Kórnickie zlikwidowano na mocy dekretu Rady Państwa z 1952 roku o zniesieniu fundacji. W dniu 10 stycznia 1953 roku Rada Ministrów podjęła uchwałę o przejęciu Biblioteki Kórnickiej, a także mienia ruchomego i nieruchomego, które było własnością zlikwidowanej Fundacji.

Zmiany polityczne w Polsce po 1989 roku umożliwiły restytucję Fundacji Zakłady Kórnickie, ale rozwiązanie tej kwestii nie było łatwe. W 1991 r. Poznański oddział Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa przejął majątek po likwidowanych PGR-ach, w tym majątki fundacyjne. W latach 1995–1997 wokół zespołu utworzonego i kierowanego przez prof. Andrzeja B. Legockiego, ówczesnego prezesa poznańskiego oddziału Polskiej Akademii Nauk, rozpoczęto prace nad restytucją Fundacji. Uznano wówczas, że najprostszą drogą do odtworzenia Fundacji będzie złożenie przez wielkopolskich posłów projektu ustawy o Fundacji Zakłady Kórnickie. Projekt poselskiej ustawy pilotowali w Sejmie RP ówcześni posłowie: Marek Zieliński i Marcin Libicki. 24 sierpnia 2001 roku Sejm przegłosował ustawę o Zakładach Kórnickich, a Senat 18 września 2001 roku tę ustawę przyjął. W dniu 11 października 2001 roku Prezydent RP Aleksander Kwaśniewski podpisał ustawę, w wyniku czego Fundacji przekazano 4200 ha ziemi ornej. Wypracowywane z majątku dochody przeznaczane są na cele wskazane w ustawie.

Pierwsze lata funkcjonowania Fundacji poświęcone były na porządkowanie przekazanego majątku, a także na jego wycenę. Przeprowadzono, między innymi: prace remontowe i modernizacyjne majątków, w tym obiektów zabytkowych. Wykonano w dużej mierze likwidację pokryć eternitowych na budynkach i budowlach stanowiących własność Fundacji. Realizowano także cele statutowe Fundacji Zakłady Kórnickie, przekazując z jej budżetu w latach 2004–2024 kwotę ponad 15 milionów złotych. Zadania statutowe obecnie realizowane wywodzą się wprost z zapisów w ustawie o Fundacji z 1925 roku. Mając to na uwadze, w 2011 roku podpisano z Urzędem Marszałkowskim Województwa Wielkopolskiego umowę o realizacji projektu pt. Najcenniejsze Klejnoty Kultury – spotkania Kórnickie. Koszt realizacji w ciągu 3 kolejnych lat wyniósł 800 tysięcy złotych. W 2015 roku wybudowano i oddano do użytku Dom Seniora w Jarosławcu (gm. Środa Wlkp.). Obiekt ma 58 miejsc, w 2025 roku rozpoczęto prace nad jego rozbudową o kolejne 50 miejsc oraz część usługową. Biorąc pod uwagę potrzeby ludzi, wyposażony został w warsztat terapii zajęciowej, rehabilitacji i fizykoterapii. W roku 2016 w Kórniku oddano do użytku budynek biurowy przeznaczony na siedzibę Fundacji.

Dostrzegając zainteresowanie mediami społecznościowymi, szczególnie wśród młodzieży, rozpoczęto w 2018 roku szereg projektów edukacyjnych, takich, jak: „Ogólnopolski Konkurs Wiedzy i Umiejętności Praca Organiczna2.0”, „Drzewo Franciszka” – projekt ekologiczny, projekt „Agrokultura” – propagowanie dziedzictwa polskiego, a szczególnie wielkopolskiego rolnictwa. Inne wartości propaguje portal „Hrabia Tytus”, odwołując się do idei patriotyzmu, tożsamości historycznej i narodowej Polaków.

Fundacja kultywuje pamięć o swoich założycielach, organizuje wystawy im poświęcone, koncerty i konkursy oraz wydaje publikacje. Ostatnio zaangażowana była w bardzo ważne projekty związane z obchodami jubileuszowymi Fundatorów, których celem jest upowszechnianie wiedzy o nich w regionie i w kraju. W uznaniu zasług dla społeczeństwa polskiego i kształtowaniu wzorców Sejm RP uchwałą z dnia 22 lipca 2022 roku ustanowił rok 2023 Rokiem Jadwigi Zamoyskiej w stulecie jej śmierci. Temu wydarzeniu towarzyszyło szereg konferencji, wystawy, konkursy i wydawnictwa. Między innymi przygotowano we współpracy z Biblioteką Kórnicką PAN i Fundacją TRES wystawę o Jadwidze Zamoyskiej, która prezentowana była w Sejmie i Senacie RP, Urzędzie Marszałkowskim i szkołach patronackich; wydano drukiem poprawioną i uzupełnioną biografię Jadwigi Zamoyskiej autorstwa dr Katarzyny Czachowskiej, Wspomnienia Jadwigi Zamoyskiej w opracowaniu prof. Magdaleny Biniaś-Szkopek i dr Edyty Bątkiewicz-Szymanowskiej. Przeprowadzono też konkursy, m.in. Ogólnopolski Konkurs Wokalny im. Marii Zamoyskiej.

W roku następnym Fundacja Zakłady Kórnickie zorganizowała obchody stulecia śmierci Władysława Zamoyskiego. Tym razem Senat RP, uchwałą z 7 września 2023 roku ustanowił rok 2024 Rokiem Władysława Zamoyskiego. W ramach obchodów odbyła się między innymi: konferencja z cyklu „Natura i Kultura” przy współpracy Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, przygotowano z Biblioteką Kórnicką PAN wystawę poświęconą Władysławowi Zamoyskiemu, którą zaprezentowano w Sejmie RP i Senacie RP oraz Urzędzie Marszałkowskim Województwa Wielkopolskiego i szkołach patronackich, oraz odsłonięto pomnik Władysława Zamoyskiego w Kórniku. Pokazano też w regionie i Zakopanem monodram o Zamoyskim w wykonaniu Teatru Animacji w Poznaniu. Ponadto odbyło się szereg innych wydarzeń takich jak: konkursy, koncerty, piknik.

Fundacja Zakłady Kórnickie prócz działań kulturalnych, edukacyjnych prowadzi działalność gospodarczą. Na przykład w 2005 roku uchwalona przez Radę Miasta i Gminy Kórnik zmiana miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego na obszarze około 80 ha położonym w Gądkach należącym do Fundacji, umożliwiła jej przeznaczenie tych gruntów pod działalność gospodarczą. Konsekwencją tej zmiany była korzystna umowa zawarta w 2009 roku z firmą logistyczną Polzug (obecnie Metrans Polonia), która specjalizuje się w przewozie kontenerów koleją – na budowę terminala przeładunkowego. Obecnie jest to największy i najnowocześniejszy hub intermodalny w Polsce o powierzchni 134 000 m2 z możliwością dalszej rozbudowy.

Realizując zapisy ustawy o Fundacji, wspiera finansowo dawne zakłady: Bibliotekę Kórnicką i Instytut Dendrologii. W ramach tych działań sfinansowała między innymi: odbudowę mostu nad fosą Zamku w Kórniku na kwotę 1 mln 230 tys. zł; odnowienie elewacji Zamku w Kórniku na kwotę 652 tys. zł; renowację murów wewnętrznych przyziemia zamkowego na kwotę ponad 366 tys. zł; budowę nawierzchni alejek spacerowych w Arboretum w kwocie 150 tys. zł oraz remont laboratorium w Instytucie Dendrologii. Ponadto wsparła finansowo prace remontowe przeprowadzone w Kolegiacie Kórnickiej, Kolegiacie w Środzie Wielkopolskiej, parafiach w Bninie, Bagrowie i Mącznikach w powiecie Średzkim. Wspólnie z Biblioteką Kórnicką PAN, Instytutem Dendrologii PAN i Urzędem Miasta i Gminy Kórnik finansuje i organizuje cykl corocznych koncertów w Arboretum pt. „Muzyka z Kórnika” oraz dotuje wspólnie z Biblioteką Kórnicką i Teatrem Muzycznym w Poznaniu spotkania z cyklu „Krakowski Salon Poezji”. Ponadto finansuje realizację tzw. zielonych lekcji w kórnickim Arboretum dla uczniów szkół podstawowych i ponadpodstawowych. Współpracuje ze szkołami patronackimi (17 szkół), wspierając projekty realizowane w ramach zajęć pozalekcyjnych. Funduje stypendia dla uzdolnionych dzieci pochodzących z ubogich rodzin. Dofinansowuje też szereg innych działań, takich jak wydanie Wirtualnego spaceru po Arboretum, publikacji czy organizowanie konferencji.

Fundacja Zakłady Kórnickie współpracuje z samorządami Kórnika, Środy Wielkopolskiej i Poznania, z Urzędem Marszałkowskim Województwa Wielkopolskiego, Wielkopolskim Urzędem Wojewódzkim, a także samorządem Zakopanego.

Dobra zakopiańskie od 1925 roku stanowiły własność Fundacji, która obecnie nie posiada w Zakopanem żadnych nieruchomości. Mimo to podjęła współpracę z samorządem Zakopanego oraz władzami Powiatu Tatrzańskiego i zrealizowała wspólnie szereg wydarzeń i konferencji poświęconych Zamoyskim. W ramach tych działań Fundacja współfinansowała np. w 2002 roku postawienie pomnika Władysława Zamoyskiego w Zakopanem i odsłonięcie przy Morskim Oku tablicy upamiętniającej W. Zamoyskiego i prof. Oswalda Balzera, dzięki którym ta część Tatr leży dzisiaj w granicach Polski. Innym ciekawym wspólnym projektem, który powstał z inicjatywy Klubu im. Władysława Zamoyskiego w Zakopanem było wytyczenie z okazji 160 rocznicy urodzin Zamoyskiego szlaku turystycznego jego imienia. W 2023 roku jedną z sal w tzw. „Adasiówce” w kompleksie Księżówka w Zakopanem nazwano imieniem Władysława, Jadwigi i Marii Zamoyskich, a Fundacja sfinansowała tablicę z biogramami Zamoyskich. W 2025 roku planowane są dalsze działania, m.in. zainstalowanie ławki z figurą Władysława Zamoyskiego w Zakopanem.

Rok 2025 poświęcony jest obchodom stulecia utworzenia Fundacji Zakłady Kórnickie. Zainaugurowane zostaną sesją naukową poświęconą Fundatorom, która odbędzie się 18 marca w Akademii Lubrańskiego w Poznaniu, wydarzenie to dopełni koncert w Auli Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Planowane są także wystawy, spotkania okolicznościowe np. w Zamku Królewskim w Warszawie oraz szereg innych wydarzeń upamiętniających tę rocznicę.